学校设有基础医学院、临床医学院、药学院、针灸推拿学院、第二临床医学院、护理学院、公共卫生与管理学院、人文社科学院、医学技术学院、体育学院、外语学院、民族医药学院、国际教育学院、成人教育学院、峨眉学院15个学院。